最早开始物流教育的机构。学院从 1993 年开始招收物流工程方向本科生，2002 年新设“物流工程”专业，2003 年成立物流工程系，2005 年“物流工程”专业第一次招生。目前具有学士、硕士和博士学位授予权。物流工程系拥有多个先进的实验室，建有 AS/RS 自动化存储、物流系统仿真、物流信息采集与跟踪、智能制造等实验室，拥有物流定位与监控系统和企业物流跟踪与追溯系统。研究领域涉及涵盖物流系统设计与规划、物流系统仿真与优化、物流信息技术、物流运作与管理、智能制造与智能物流、质量管理与控制、人因工程、物流与工作流技术、大数据分析技术等。该系现有专任教师 15 名，其中教授、博导 6 名。拥有一名外籍客座教授，定期来华讲座或短期讲学。大部分教师具有博士学位和海外访学经历，多名教师获得过国家、解放军及各部委的科技进步奖以及各级别教育教学成果奖。该系每年承担多项国家科技攻关与应用示范项目、国家重点研发计划、自然科学基金、军队开放课题、国防基础科研计划等项目，常年与京东物流、中外运等企业开展技术交流与合作，与物流企业进行数十项科技合作项目，为企业解决了大量技术难题。系与美国和欧洲很多国际知名大学、科研机构及企业进行密切合作，跟踪国际物流先进技术。拥有“北京科技大学 - 京东物流智能物流研究中心”和“北京科技大学 - 极智嘉智能物流研究中心”两个联合研究中心。主办物流行业知名期刊⸺《物流技术与应用》杂志。